ศูนย์วิทยาศาสตร์อาหารฮาลาลได้จัดสรรทุนงบประมาณงานวิจัยแบบมุ่งเป้า  โดยได้กำหนดเป้าหมายการวิจัยไว้ 4 ด้าน 

1.  สร้างองค์ความรู้ใหม่ด้านวิทยาศาสตร์อาหารฮาลาล  สารทดแทนสารต้องห้ามตามหลักฮาลาล  การวิเคราะห์สารปนเปื้อนที่ผิดหลักฮาลาล

2.  การพัฒนากระบวนการผลิต  การเก็บรักษา/ความปลอดภัยของวัตถุดิบหรือผลิตภัณฑ์ฮาลาล/ที่มีศักยภาพและผลกระทบในเชิงพาณิชย์

3.  ประเด็นวิจัยด้านสังคม  เศรษฐกิจ  และโลจิสติกส์ที่เกี่ยวข้องกับอาหารฮาลาล  ตลาดอาหารฮาลาล/ฐานข้อมูลที่เกี่ยวข้องกับอาหารฮาลาล

4.  โภชนศาสตร์ในประเด็นที่เชื่อมโยงกับทรัพยากรในภาคใต้และความเป็นอยู่ของประชาชนในพื้นที่ 5 จังหวัดชายแดนใต้